Capitán, Kowalski y Rico no quieren seguir a los otros pingüinos que caminan en fila siguiendo a los demás, sin criterio propio. Tras arriesgarse a salvar un huevo del que nace Soldado, una nueva incorporación, el cuarteto deja la Antártida y vive diversas peripecias hasta que son secuestrados por Dave, un pulpo maquiavélico que les lleva a su guarida, y les revela que pretende vengarse de ellos porque le robaron el protagonismo en el zoo.
Spin-off de Madagascar, con el que DreamWorks repite la jugada de El gato con botas, largometraje protagonizado en solitario por el minino procedente de Shrek 2. Los pingüinos ya habían dado lugar a su propia serie animada en 2008. Si es cierto que en pequeñas dosis tenían su gracia (su presencia era lo mejor del film sobre los animales de Central Park), aquí acaban agotando en cierta medida, al igual que el minino, pues el guión se alarga, y al tramo final le pasa lo que a estas aves marinas, que no acaba de despegar.
Pero en líneas generales Los pingüinos de Madagascar logra entretener, gracias a sus gags en la línea de la animación clásica, con algunos golpes muy logrados, como la entrada en Fort Knox o la aparición paródica de un equipo que rueda un documental (la versión original cuenta en su tramo inicial como narrador con Werner Herzog, autor de Encuentros en el fin del mundo).
El argumento parte de la serie Misión imposible, pues los personajes centrales son un equipo cuyos integrantes están especializados en diversos campos, y se enfrentan a un supervillano propio de la saga de James Bond. Las numerosas localizaciones internacionales, especialmente Venecia, son lo mejor de una animación resultona en su estilo caricaturesco. Los pingüinos de Madagascar está cuidada para que interese por igual a niños y adultos, y encierra algún mensaje positivo sobre la superación personal, y el daño que hace el rencor.